THESE :

Titre : Génomique des populations et adaptation locale : exemple de la grenouille             rousse(Rana temporaria) le long d’un gradient d’altitude.

Directeurs de thèse : Claude Miaud, François Pompanon, Pierre Taberlet.

Date de soutenance prévue : 11 mai 2006.

Financement, partenaires : Allocation de recherche ministérielle.

Résumé :

La génomique des populations consiste à étudier de nombreux marqueurs génétiques dans le but de comprendre l’influence des différentes forces évolutives (dérive génétique, migration, sélection naturelle etc.) sur le génome. Elle constitue un outil précieux pour détecter les locus soumis à la sélection naturelle, sur la base de leur variabilité génétique atypique par rapport à celle du reste du génome. Mon travail de thèse a ainsi examiné la pertinence de la génomique des populations pour révéler les bases génétiques de l’adaptation locale le long d’un gradient de sélection, l’altitude, chez une espèce non-modèle, la grenouille rousse (Rana temporaria). Pour ce faire, plusieurs populations de grenouille rousse originaires de différentes altitudes ont été échantillonnées et les locus impliqués dans l’adaptation ont été recherchés grâce à un criblage génomique basé sur plusieurs centaines de marqueurs AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), et à deux méthodes statistiques spécialement modifiées pour traiter les données dominantes type AFLP. Nous avons également exploré l’application potentielle de la génomique des populations en biologie de la conservation, dans le cadre de l’évaluation de la diversité génétique adaptative des populations. Enfin, la validité des signatures de sélection décelées par les criblages génomiques dépendant considérablement de la qualité des données génétiques, nous nous sommes intéressés au problème général des erreurs de génotypage en génomique des populations et plus généralement dans toutes les disciplines utilisant l’outil génétique.

CV :

Fonction actuelle :
Attachée temporaire à l’enseignement et à la recherche (ATER) à l’UFR de biologie de l’Université Joseph Fourier (Grenoble I).

Diplômes français d’enseignement supérieur :
- Juillet 2002 : DEA spécialité Biosciences de l’Environnement, Chimie et Santé (mention Bien), Université d’Aix-Marseille III.
- Septembre 2001 : Diplôme d’Ingénieur spécialité Biochimie (mention Bien), Institut des Sciences Appliquées (INSA) de Lyon.
- Juin 1996 : Baccalauréat scientifique option mathématiques (mention Bien), académie de Grenoble.

Expériences :
- 2002-2006 : Thèse en cours au Laboratoire d’Ecologie Alpine, Grenoble.
- 2005-2006 : Phylogéographie de la grenouille rousse (Europe) et de la grenouille taureau (France).
- 2004 : Initiation à une nouvelle technique de génotypage (DArT, Diversity Array Technology) à CAMBIA (Centre for the Application of Molecular Biology to International Agriculture, Canberra, Australie).
- 2002-2004 : Participation au projet GENOTAG de traçabilité de la viande bovine en partenariat avec une équipe du CEA de Grenoble.
- 2002 : Mise en évidence d’une hybridation entre espèces de chênes méditerranéens sur l’île de Port-Cros (Var) (DEA au Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive, Montpellier).
- 2001 : Utilisation de protéines fluorescentes pour repérer les zones de croissance active dans les biofilms bactériens (Stage ingénieur au Center for Biofilm Engineering, Bozeman, Etats-Unis).