Thèmes de Recherche :

Mon activité de recherche se situe dans le cadre général de la génétique de la conservation. J’ai exploré différentes pistes où l’apport des marqueurs moléculaires pouvait faire progresser notre compréhension des processus évolutifs et aider aux décisions de gestion de la biodiversité.

1) Phylogénies intra- et interspécifiques chez les végétaux :

Les méthodes développées concernent le séquençage de régions non-codantes de l’ADN chloroplastique et sont maintenant très utilisées par la communauté scientifique.

2) Phylogéographie (analyse conjointe de données phylogénétiques et biogéographiques) :

J'ai d'abord concentré mon activité sur la phylogéographie intraspécifique de quelques espèces de mammifères (ours, musaraignes), puis je me suis intéressé à l'aspect comparatif en Europe. (Image : Principales voies de colonisation post-glaciaires en Europe (en jaune) et zones de contacts (en orange) d'après Taberlet et al., 1998).

3) Méthodes d’échantillonnage non-invasives (utilisation de poils et de fèces comme source d’ADN) :
Les méthodes développées depuis 1991 par notre équipe sont maintenant très largement utilisées et ont permis des progrès importants en génétique de la conservation des grands mammifères.

4) Analyse génétique spatialisée :
Cette nouvelle approche en génétique des populations, prend en compte non seulement la position exacte des individus sur le terrain, mais aussi les génotypes multilocus. Ce travail a été réalisé en collaboration avec Stéphanie Manel, et à contribué au développement de ce que nous avons appelé la "landscape genetics" (Manel et al., 2003).

5) Génomique des populations :
La génomique des populations correspond à l'analyse de centaines de marqueurs moléculaires, pour de très nombreux individus, en discernant les marqueurs neutres des marqueurs "hors norme" ("outlier loci"), potiellement sous sélection. Les marqueurs neutres peuvent être utilisés pour les analyses classiques en génétique des populations, alors que les marqueurs "hors norme" caractérisent les régions chromosomiques sous sélection, et représentent de bons candidats pour aborder la question de l'adaptation locale dans les populations naturelles.